A exposición permanente do Mupega distribúese ao longo das tres plantas do edificio ocupando arredor  duns 1200 metros cadrados, dos 3500 de superficie útil que presenta o edificio.

 
Na planta baixa atópanse os seguintes servizos do museo:

• Biblioteca auxiliar con servizos de consulta bibliográfica, hemerográfica e de publicacións periódicas, fototeca, fonoteca e videoteca.
• Sala de investigadores.
• Salón de Actos con capacidade para 112 persoas.
• Taquillas.
  
• Escaparate de producións propias.

 
Ademais nesta planta de entrada ofrécenselle ao visitante os referentes básicos para situalo no tempo, no espazo e na temática específica do museo, para o que se presentan os seguintes módulos museográficos: 

• Solaina de educadores galegos.
• Os materiais didácticos.
• Os xogos e xoguetes.
• Peza destacada.
  

Na planta primeira ubícanse cinco seccións expositivas que responden a esta nomenclatura :

• O mundo infantil: ciclo da infancia e xogos e xoguetes.
• A administración educativa.
• As escolas chegadas de alén mar.
• A aula da Transición.
  
• Zona de exposicións temporais.

O segundo andar presenta unha disposición análoga á primeira, agás unha pequena zona que se destina ás labores administrativas. Así, podemos observar os diferentes espazos museísticos:

• As aulas no tempo: escolas de ferrado, restauración borbónica, da segunda república e franquista.
• Educación Especial.
• A Rede Mupega. Bases e mostra dos fondos dos antigos institutos provinciais fundadores da devandita Rede.
• O ensino secundario e profesional. Orixes.