A exposición permanente do Mupega distribúese ao longo das tres plantas do edificio ocupando arredor  duns 1200 metros cadrados, dos 3500 de superficie útil que presenta o edificio.

 
Na planta baixa atópasen os seguintes servizos do museo:

• Biblioteca auxiliar con servizos de consulta bibliográfica, hemerógrafica e de publicacións periódicas, fototeca, fonoteca e videoteca.
• Sala de investigadores
•  Salón de Actos con capacidade para 112 persoas
• Botiquín e roupeiro 
• Tenda e escaparate de producións propias

 
Ademais nesta planta de entrada ofrécenselle ao visitante os referentes básicos para situalo no tempo, no espazo e na temática específica do museo, para o que se presentan os seguintes módulos museográficos: 

• Solaina de educadores galegos
•  Os materiais didácticos
•  Os xogos e xoguetes
•  Peza do mes  

Na planta primeira ubícanse cinco seccións expositivas que responden a esta nomenclatura :

• O mundo infantil: ciclo da infancia e xogos e xoguetes
• A administración educativa
• As escolas chegadas de alén mar
• O sistema educativo
• Zona de exposicións temporais

O segundo andar presenta unha disposición análoga á primeira, agás unha pequena zona que se destina ás labores administrativas. Así, podemos observar os diferentes espazos museísticos:

• As aulas no tempo: escolas de ferrado, restauración borbónica, da segunda república e franquista.
• Educación Especial
• A Rede Mupega. Bases e mostra dos fondos dos antigos institutos provinciais fundadores da devandita Rede.
• O ensino secundario e profesional. Orixes