No curso 1978-1979 o Delegado Provincial do Ministerio de Educación propuxo a creación dun Instituto no barrio do Couto. Había 3 razóns que avalaban a proposta: o censo de poboación do barrio, a saturación nos outros institutos da cidade e a matriculación de alumnos que medraba cada ano. A proposta do Delegado foi informada positivamente e, en consecuencia, antes de que rematara o curso o Ministerio de Educación publicaba no B.O.E. o decreto de creación. Pero o Concello de Ourense non contaba cun soar axeitado no propio barrio e houbo que situar, de xeito provisorio, o espazo físico do Instituto no que, naquel tempo, era o 3º pavillón do Antigo Hospital ao que se lle engadiu un anexo en forma de L, cedido pola Excma. Deputación Provincial.
Así, despois do acondicionamento daquelas dependencias, comezou a súa andadura o Instituto do Couto no curso 79-80, sendo don Alberto Viso o seu primeiro director: A meirande parte do alumnado eran alumnos sobrantes dos outros institutos de Ourense e, maioritariamente, repetidores. Con todo, grazas ao bo facer daquel primeiro Claustro de Profesores acadáronse uns resultados académicos aceptábeis e iniciouse unha práctica, que aínda perdura no tempo, de actividades extraescolares formativas. En concreto, nas actas das reunións do Claustro de Profesores daquel primeiro curso recóllese a realización de charlas de Orientación Universitaria impartidas por destacados profesionais entre os que figura Don Cándido Conde Pumpido, daquela xuiz de 1ª instancia do Carballiño e , hoxe, Fiscal Xeral do Estado.
A comezos do ano 1984 os promotores da Urbanización "Couto-Rabo de Galo" cedéronlle ao Concello unha parcela de uno dotacional e, a seguir, iniciáronse unhas obras que ían desembocar na actual situación do noso Instituto. Os planos seguían o mesmo patrón que os do Instituto de Xinzo. A obra realizouse en nove meses e instalacións tivo que retrasarse até Febreiro de 1985 porque, despois de rematada a obra, houbo que agardar pola conexión da rede de sumidoiros á rede que dependía do Concello. No ano 1986 Don Benito Roberto Fernández asume o cargo de Director e durante o seu mandato fixéronse algunhas obras de remodelación no ano 1989. En 1990 Don Samuel Lago foi nomeado director, función que desempeñou até o seu paso á Inspección no ano 1993. Foi sustituido pola Vicedirectora Dona Concepción Álvarez Fernández. Durante o seu mandato, no verán de 1998, acometéronse obras de ampliación: unha planta máis no edificio e un ximnasio cuberto. No ano 1999 foi nomeada directora do Instituto dona Mercedes Gallego, quen desempeñou o cargo até que foi elixida Senadora polo Partido Popular nas Eleccións Xerais de Marzo de 2004 e sendo substituida provisoriamente pola Vicedirectora dona Concepción Rodríguez Lage. En Xuño do 2004 foi elixido Director do Instituto do Couto, Don Jorge Casalderey García, quen deixaría o cargo logo da súa xubilación. Herdaría o seu posto, Don Francisco Antonio Rodríguez Rodríguez, actual Director do centro.
